Alessandria d’Egitto, 391 dopo Cristo. I Cristiani invadono la città per diffondere il nuovo Credo, ma l’astrologa e filosofa Hypatia (Rachel Weisz), una donna determinata, che si fa guidare solo dai suoi ideali, senza cedere alla politica e agli intrighi di palazzo, lotta per preservare il sapere del suo mondo antico. Mentre il suo schiavo Davus (Max Minghella) è combattuto tra l’amore che prova per lei e la possibilità di guadagnare la libertà convertendosi alla nuova religione.