Shredder è tutt’altro che fuori gioco: il clan del piede infatti organizza l’evasione del suo leader, stavolta ancora più pericoloso. È in combutta con l’alieno Krang, determinato a invadere la terra, e in più è dotato di due nuove frecce al suo arco: Bebop e Rocksteady, due criminali trasformatisi rispettivamente in un un cinghiale  e in un rinoceronte pronti a travolgere tutto e tutti. Alle tartarughe ninja, aiutati da April O’Neill e dal poliziotto Casey Jones, il compito di fermarli.